Bir teknoloji olarak klonlama, mevcut gelişim düzeyinde kötü bir fikir olarak kabul edilir, çünkü bir dizi etik ve biyolojik kaygı uyandırır. Bunlar arasında birçok klonlanmış fetüsün yaşayabilirliği, yaşamda daha sonra fizyolojik bozuklukların gelişimi, bulaşıcı hastalıklara ve diğer koşullara karşı artan duyarlılık yer almaktadır.
Klonlar doğanın her yerinde doğal olarak bulunur. İnsan veya başka herhangi bir özdeş ikiz, bir klonudur. Birçok mikrop türü ve bazı hayvan ve bitki türü klonlama yoluyla çoğalır. Sorunlar, teknoloji hala bebeklik döneminde olduğu ve birçok faktörün bilinmediği için yapay klonlar, özellikle de memelilerin yaratma girişimlerinden kaynaklanmaktadır.
Döllenmiş klon embriyolarının yüzde 95'inden fazlası yaşayabilir hale gelir ve genetik bozukluklar nedeniyle ilk aşamalardan sonra hayatta kalamaz. Hayatta kalan klonlar, daha sonra yaşamda anormal şekilde genişletilmiş organlar, tehlikeli bağışıklık sistemleri ve diğer genetik bozukluklar gibi birçok komplikasyon geliştirir. Bu faktörler, klonlama, insan ölümü ve acı çekme olasılığına yol açtığı için, insan klonları olasılığına uygulandığında etik ikilemleri rahatsız etmektedir.
Uzmanlar, çok sayıda üretilen klonların, bulaşıcı hastalıklara karşı aynı kırılganlığı paylaşabildiğini ve tek bir patojen tarafından yok edilebileceğini tahmin ediyor. Daha çeşitli genetiklere sahip bir popülasyon daha dirençli olur. Büyük klon popülasyonları da sonunda üreme sorunlarından muzdarip olabilir.