Jaguarlar yok olma tehlikesiyle karşı karşıya kalıyor, çünkü doğal yaşam alanları insanın iç içe geçmesi nedeniyle giderek yok oluyor. Ancak, jaguar sayıları da azalıyor, çiftçiler de onları çiftlik hayvanları için tehdit olarak öldürüyor ve avcılar avlanıyor kürk için onları. ABD'den Arjantin'e kadar değişen doğal jaguar habitatlarını içeren birçok ülke, jaguar avcılığını yasaklamasına rağmen, sayıları düşmeye devam ediyor.
Dünya jaguar popülasyonunun tükenmesinin birincil nedeni habitat kaybıdır. Çoğu jaguar, Amazon ormanlarının yoğun yağmur ormanlarında yaşar, ancak orman, insan yerleşiminin temizliği nedeniyle hızla kaybolur. İnsanlar, sığır çiftliği, lastik tarlaları, kakao tarımı ve insan konutları için ağaçları yağdırıyor. Çoğunlukla, rezerv olarak ayrılan orman parçaları, jaguarlara gelişmek için yeterli alan vermez. Doğal avları kaybolduğunda, jaguarlar sığır ve diğer hayvanların peşinden gider. Misillemede, birçok hayvan sahibi görünüşte jaguarları vuran tam zamanlı avcıları işe alıyor. Ek olarak, uluslararası avlanma, jaguar kürk ithalatı ve satımı yasaklarına rağmen, peletleri halen talep edilmektedir.
1960'lardan bu yana, jaguarın korunması için kayda değer koruma çalışmaları yapılmıştır. 1973 yılında, Nesli Tehlike Altındaki Türlerin Ticaretine İlişkin Sözleşme, pelet satışını keskin biçimde azaltmıştır. Jaguar habitatlarında insanın işgalini azaltma çabaları arasında yeni tapınaklar, ekoturizm ve sığır çiftçilerinin eğitimi yer alıyor. Bununla birlikte, bu tür önlemler türlerin sayısındaki istikrarlı tükenmeye yol açma konusunda etkisiz kalmıştır.
