Soyu tükenmiş Megalodon ve günümüzdeki meslektaşı Büyük Beyaz Köpekbalığı arasındaki en belirgin fark, Megalodon'un çok daha büyük olmasıdır. Bilim adamları, iki tür arasında Megalodon'un fosilleşmiş dişlerinde bulunan kanıtlardan daha ince farkları ayırt etmeye çalışıyorlar.
Büyük Beyaz Köpekbalığı gibi Megalodon, çoğunlukla kıkırdak ve az sayıda kemikten yapıldığından, yaklaşık 3 milyon yıl önce tükenmiş olan bu yaratığın fosil kanıtları yoktur. Hayatta kalan fosiller, bilim insanlarının vücudunun 40 metreden 70 feet uzadığını ve 25.000 kilograma kadar olduğunu tahmin edebildikleri Megalodon dişlerindendir. Nispeten, ortalama Büyük Beyaz Köpekbalığı 15 ila 25 fit ve 3.300 kilogram ağırlığında. Bu boyut farkı, Megalodon'un genellikle Great White Shark’ın menüsünde yer alan balinalar gibi daha büyük hayvanları avlamasını sağladı.
Fosilleşmiş Megalodon dişlerinin yakından incelenmesi, günümüzdeki kuzeninden, ağızdaki dişlerin derinliği ve diş tırtıl kalitesinde ve hayvan yaşı gibi sayısındaki değişiklikler gibi çeşitli farklılıkları ortaya koymaktadır. Fosilleşmiş dişler ayrıca Büyük Beyaz Köpekbalıklarında daha büyük ve kümelenmiş ancak Megalodon'da daha küçük ve daha küçük olan yakındaki sinir yollarının ve kan damarlarının doğasını da gösterir.
Bu farklı farklar, bilim adamları arasında Megalodon'u evrimsel olarak Büyük Beyaz Köpekbalığından daha da uzaklaştırılmış ya da kaldırılmamış olarak yeniden sınıflandırıp sınıflandırmama tartışmalarını körüklemektedir.
