Kongo yağmur ormanları yılanlar, timsahlar ve kaplumbağalar dahil olmak üzere yaklaşık 280 sürüngen türüne ev sahipliği yapar. Altı Afrika ülkesine yayılan Kongo Havzası, dünyanın ikinci en büyük tropik yağmur ormanıdır ve Afrika'daki en nesli tükenmekte olan ve en vahşi doğaya ev sahipliği yapmaktadır.
Orman menteşesi kaplumbağaları, Batı ve Orta Afrika'daki Gine-Kongo yağmur ormanlarına özgü bir tür kaplumbağa türüdür. Türler nehirler ve akarsular boyunca bataklık alanlarda gelişirler. Diğer kaplumbağaların aksine, orman menteşesi kaplumbağası, yapraklarla kaplı zeminde bir seferde yalnızca iki ila beş yumurta bırakabilir.
Kongo Havzası, kobralar ve viperler dahil, dünyanın bazı zehirli yılanlarına ev sahipliği yapar. Gaboon engerekleri Sahra Altı Afrika'daki savanlarda ve yağmur ormanlarında yaşarlar. Sadece en ağır viperler değil, aynı zamanda zehirli yılanlar arasında en uzun dişlere ve en yüksek zehir oranına sahipler. Gaboon engerekleri hızlı grevcilerdir, ancak hoşgörülü oldukları düşünüldü ve ciddi şekilde kışkırtılmadıkça ısırmazlar.
Afrika ince burunlu timsahları, Kongo yağmur ormanlarında ve Batı ve Orta Afrika'nın diğer kısımlarında nehirlerde, bataklıklarda, göletlerde ve göllerde bulunur. Timsahlar, diyetlerini balıklar, amfibiler, kabuklular ve küçük memelilerle sınırlayan son derece narin bir burunlara sahiptir. En az bilinen timsah ve aynı zamanda düşen ağaçların kollarında birkaç metreye kadar tırmanabilen tek timsah türü.
