Japonya mangrov bataklıkları, subtropikal ormanlar, orman otları, kuzey ormanları, çiçek ağaçları, dağ bitkileri ve orman bitkileri gibi bitkileri içerir. Güneyde subtropikal ormanlar, kuzeyde ise köknar, çam ve ladin bulunan ormanlar bulunur.
Japonya, eğrelti otları ve tohum bazlı bitkiler şeklinde 7.000 yerli bitkiye sahiptir. Japonya'nın aşırı kuzey ormanları Hokkaido'da bulunabilir. Alp bitkileri Shikoku ve Honshu'nun daha yüksek bölgelerinde yetişir.
Japon bitki örtüsünün dikkat çekici bir şekli kiraz ağacıdır ve çiçekler Japonya'nın ulusal bir sembolüdür. Japonya'da çok çeşitli kiraz çiçekleri vardır, ancak Somei Yoshino çeşidi, pembemsi bir tonda beyaz yapraklardan oluşan en popüler çeşittir. Yaezakura, canlı, pembe yaprakları ile büyük çiçekler açar ve ağlayan kiraz da pembe çiçekler taşır.
Viburnum furcatum, nemli ve kireçsiz toprakta iyi yetişen ve serin hava koşullarında adapte olabilen bir orman bitkisidir. Bu çalılar nemli alanlarda yetişir ve çiçekler Mayıs ayında görünür. Tohumların Ekim ayında ortaya çıkabilmesi için böceklerin her çiçeğe döllenmesi gerekir.
Hakonechloa macra, tipik olarak dağlarda bulunan bir tür orman çimidir. Bu bitki gölgeli alanlara sahiptir ve nemli, kayalık arazilerde büyümeyi tercih eder. Yaprakların bol dökümlü bir etkisi vardır ve çimler bambuya benzer küçük sürgünler içerir.
