Birlik ordusunun en önemli zayıflıklarından biri de deneyimli generallerin olmamasıydı. Askeri kolejlerin çoğu Konfederasyon devletlerinde bulunuyordu. Sonuç olarak, Lincoln, Müttefik ordusunun zayıf yönlerinden yararlanamayan komutan generalleri buldu.
Kuzey'in çektiği bir diğer büyük dezavantaj, bilinmeyen bir bölgeye girmeleriydi. Güney'deki generaller, toprakların yerleşimini biliyorlardı ve Birlik birliklerini nasıl taciz edeceğini biliyorlardı, ancak Kuzeyli generaller bölgeye aşina değildi. Kuzey'in askerleri de evlerini korudukları için moralinin çok yüksek olduğu bir düşmanla karşı karşıya kaldılar. Son olarak, Birlik ordusunun hem siyasi hem de askeri hedefleri, Konfederasyonların hedeflerine göre çok geniş ve çok daha zordu.
Konfederasyon devletlerinin tek yapması gereken savaşın sonuna kadar hayatta kalmaktı, oysa Birlik ordusu işgal etmek, fethetmek ve düşmanı bastırmak zorunda kaldı. Batı tedarik hattını engellemek için Mississippi Nehri'ni Güney'den almak zorunda kaldılar. Kuzey ayrıca Güney'i uluslararası tüccarlardan kesmek ve Güney'in savaş malzemeleri üretimini durdurmak zorunda kaldı. Son olarak, Kuzey, Müttefik ordusunun, kuzeydeki erken kayıplara baskı yapmak için kuzeye istila etmesini durdurmak zorunda kaldı.
