Clue Jr.'ın amacı, hangi çocuğun hangi odada hangi hayvanla birlikte olduğunu gizlemektir. Bir gizemi çözmek için bir oyuncu tüm odaları ziyaret etmeli, gizli ipuçlarını bulmak için kapıları açmalı ve orada bulunan dedektif not defterinden buldukları çocukları, hayvanları ve odaları geçmelidir. Bir öğe listeden her geçtiğinde, bir çocuk, oda veya evcil hayvan elenir.
Bir oyuncu döndüğünde sayı döndürücüyü döndürür ve parçasını herhangi bir yöne doğru sayıda boşluk taşır. Odalardan herhangi birinin dışındaki bir halıya indiğinde kapıyı açabilir. Orada görülen herhangi bir şey onun dedektif not defterinden atılmalıdır. Dönüp tekrar hareket edebileceği bir sonraki dönüşe kadar orada kalır. Gizli bir geçit merdivenine indiğinde, geçit boyunca hareket eder ve tahtanın diğer tarafındaki alandan çıkar.
Oyuncular, dedektif not defterinde yalnızca bir çocuk, bir oda ve bir evcil hayvan kalıncaya kadar sırayla dönmeye devam eder. Oyuncu, diğer oyunculara not defterinde kalan evcil hayvan, çocuk ve odayı söylemelidir. Bunlar açık mavi renkli kapının yanındaki kartlarla eşleşirse, o kazanır. Eşleşmezse, oyun dışındadır ve başka bir oyuncu doğru tahmin edene kadar oyun devam eder.
