Çikolatanın gevşek bağırsak hareketlerine neden olup olmadığını gösteren kanıtlar kesin değildir. Yapılan araştırmalardan bazıları, çikolatadaki kafeinin gevşek dışkıya neden olabileceğini ortaya koyuyor, diyor Everyday Health için Beth W. Orenstein. Alternatif olarak, diğer kanıtlar koyu çikolatanın gevşek dışkıları engelleyebileceğini gösterir, WebMD'yi iddia eder.
Kafein çikolatada bulunur ve sindirim sistemini uyarır. Orenstein, yemeğin sindirim kanalından daha hızlı geçmesine neden olduğunu ve ishal ile sonuçlanabileceğini açıklıyor. Buna rağmen, 2005 yılında yapılan bir araştırma, WebMD'ye göre kakao çekirdeği ve koyu çikolata ürünlerinde bulunan flavonoidlerin ishalin giderilmesine yardımcı olabileceğini ortaya koydu. Flavonoidlerin, gevşek dışkılara katkıda bulunan bağırsak sıvı kaybını önlediği görülüyor.