Bir Chihuahua'nın karıştırıldığı cins bilinmemektedir. Cinsin kökenine dair birçok fikir vardır, ancak herhangi birinin doğru olduğuna dair hiçbir kanıt yoktur.
Bazıları cinsin Güney ve Orta Amerika bölgesinden geldiğine ve Techichi köpeğinin üremesiyle geliştirildiğine inanmaktadır. Diğerleri Chihuahua'nın Çin'den geldiğine ve daha küçük yerli köpeklerle beslendiği Amerika Birleşik Devletleri'ne ithal edildiğine inanıyor. Yine de diğerleri cinsin Güney Afrika’ya özgü olan Rezene tilkisinden kaynaklandığına inanmaktadır.
Chihuahuaların eski zamanlardan beri bulunduğuna dair kanıtlarla bile, Meksika’da olduğu ve bu ülkede bulunan Chihuahua eyaleti olarak adlandırıldığı söylenir.
