Modern kısa saçlı Chihuahua, 1850'lerde Meksika'nın Chihuahua kentinde ortaya çıktı. Cinsin antik kökenleri tartışılıyor, ancak tarihçiler Chihuahua'nın ilk önce Meksika, Orta Amerika veya Güney Amerika'da keşfedildiğine inanıyor.
Bir teori Chihuahuaların, dokuzuncu yüzyıldan kalma Toltec oymalarında tasvir edilen Güney Amerika Techichi köpeğinden geldiğini öne sürüyor. Techichis'in çizimleri, yuvarlak kafaları ve büyük kulakları da dahil olmak üzere Chihuahua'lara benzer özellikler gösteriyordu. Techichi nüfusu, Toltekler fethedildikten sonra Aztek kültürüne asimile edildi, ancak İspanyol fetihleri sırasında yavaş yavaş azaldı. Aztekler, Techichi köpeklerinin yeraltı dünyasının rehberleri olduğuna inanıyorlardı ve onları tasavvuf ve şifanın sembolleri olarak övüyorlardı.