Kaplumbağa, hem iç hem de dış iskelete sahip birkaç hayvandan biridir. Endoskeleton, diğer memelilere benzeyen kemiklerden oluşurken, dış iskelet hayvan krallığında benzersizdir. Çarpıcı bir fark, kaplumbağaların omuz kuşaklarının göğüs kafelerinin içinde bulunmasıdır.
Çoğu kaplumbağanın kabukları, derinin içinden çıkan iskelet ve dermal kemiklerin birleşmesiyle oluşur. Türlerin çoğunda, omurga kabukla birleşir. Bunun bir istisnası, dünyanın en büyük türü olan deriden kaplumbağa Deri kaplamanın omurgası sabit kalmamıştır çünkü bu kaplumbağanın sert bir kabuğu yoktur. Bunun yerine, sırtında çok sayıda minik kemik içeren deri gibi bir deri var. Bu adaptasyon, deri kaplamalı deniz kaplumbağasının güvenli bir şekilde 3000 metreye kadar derinliklere dalmasını sağlar.
Bilim adamları, kaplumbağanın endoskeletonunun bölümlerini, omurga ve kafatasından oluşan eksenel bir iskelete ve humerus, radius, ulna, carpalitlerden oluşan pelvik ve pektoral kuşaklardan oluşan ek bir iskelete sınıflandırır , femur, metakarplar, tibia, tarsallar, metatarsallar, falanjlar ve fibula.
Büyük miktarda kıkırdak içeren iskeletlere sahip amfibilerin aksine, kaplumbağa iskeletleri çoğunlukla kemiktir. Bazı kaplumbağa kemikleri hem kırmızı hem de beyaz kan hücreleri üreten kemik iliği içerir.
