Altıgenler, bir kovanın birbirine geçen hücreleri ve bir kar tanesinin kristalleri gibi birçok yerde doğada bulunur. Kaplumbağa kabukları genellikle altıgen işaretlerle kaplıdır. Dev'in İskoçya'daki Causeway'i, 40.000 altıgen bazalt sütundan oluşan bir coğrafi özelliktir. Altıgenler genellikle fayanslar, parke taşları ve diğer duvar ve zemin kaplamalarında kullanılırken güneş panelleri genellikle altıgen ızgaralardan oluşur.
Altıgenlerin doğal oluşumu, altıgen şeklin alandan yararlanma biçiminden kaynaklanmaktadır. Altıgen, düz bir yüzeyi herhangi bir boşluk olmadan örtmek için birbirine oturan üç normal poligondan biridir, diğer ikisi kare ve eşkenar üçgendir.
Bir altıgen, kare veya üçgenden daha fazla tarafa sahip olduğundan, alanı her ikisinden de daha kompakt bir sabit çevreye sahiptir. Bu, bal peteğinin altıgen hücrelerinin, hücreler arasındaki boşluğu boşa harcamadan maksimum boşluğu kapamak için gereken en az miktarda balmumu kullandığı anlamına gelir.
Altıgen bir düzenleme ayrıca dairesel nesnelerin yoğun bir şekilde paketlenmesini sağlar. Örneğin, yuvarlak bir tabak içine yerleştirilen mermerler, doğal olarak kendilerini bir merkez mermerin etrafında toplanmış altı mermer ile altıgen bir şekle sokarlar.
