Şişe burunlu yunusun ekolojik nişi, türlerin çevresi içindeki rolü ve pozisyonudur. Bu, yiyecek ve barınak ihtiyaçlarını nasıl karşıladığını, nasıl hayatta kalacağını, çevresinin biyotik ve abiyotik faktörleriyle nasıl etkileşime girdiğini içerir.
Şişe burunlu yunusların yaşam alanı, kıyı sularından açık okyanusa kadar dünya çapında ılıman ve tropik suların yüzeyidir. Şişe burunlu yunusun iki ekotipi vardır; kıyı şişe burunlu yunusu ve açık deniz şişe burunlu yunusu. Genel olarak, kıyı ekotipi ılık, sığ sulara adapte edilmiştir ve daha küçük bir gövdeye ve daha büyük yüzgeçlere sahiptir. Bu yunuslar genellikle limanlarda, koylarda, lagünlerde ve haliçlerde yaşar.
Açık deniz ekotipi daha serin ve daha derin sulara uyarlanmıştır ve derin dalış için daha uygun görünmektedir. Daha büyük gövdesi ısının korunmasına ve yırtıcılara karşı kendini savunmasına yardımcı olur. Su sıcaklığındaki değişiklikler, gıdanın hareketleri (çoğunlukla balıklar) ve beslenme alışkanlıkları, bazı yunusların belirli alanlardan mevsimsel hareketlerini hesaba katabilir. Şişe burunlu yunuslar, yüzlerce yunusun bulunduğu kapsüller için 2 yunus kadar küçük baklalarda avlanabilir. Ancak, 2 ila 24 yunusun kapsülleri en yaygın olanıdır.
Şişe burunlu yunuslar çeşitli balık, kalamar ve kabukluları yerler. Yetişkin bir yunus günde 15 ila 30 kilo yemek yiyebilir. İnsanlar, şişe burunlu yunusun en büyük avcılarıdır. Şişe burunlu yunuslar, besin zincirinin yakınında bulunur ve sadece büyük beyaz köpekbalıkları, kaplan köpekbalıkları ve boğa köpekbalıkları dahil olmak üzere, daha büyük ve daha agresif köpekbalığı türlerinden bazıları tarafından yenir. Yunuslar köpekbalıklarını doğal bir düşman olarak görürler ve köpek balıklarına solungaçlara çarparak saldırırlar. Şişe burunlu yunuslar da, nadiren olsalar da orcas tarafından yenir.