Örümcek maymunları, esas olarak yaşam alanı kaybı ve avlanma nedeniyle tehlike altındadır. Yavaş üreme hızları da onları savunmasız kılar, çünkü bir kadın örümcek maymununun her iki ila dört yılda bir bebeği vardır.
Örümcek maymun yaşam alanı kaybı, ormanların yanı sıra kesik ve yanık tarımı, büyükbaş hayvancılık ve kahve, kakao ve soya gibi ürünler için ticari tarım gibi arazi kullanımının temizliği nedeniyle ormanların kütüğü nedeniyle oluşur. Kereste tarlaları yerli ormanların yerini alır. Boksit, kil, granit ve kumun madenciliği, ormansızlaşmaya, erozyona ve tatlı su kaynaklarının kirlenmesine neden olur. Yasadışı hurma hasadı, bütün hurma ağaçlarını durduramaz. Karayolları, tarım arazileri ve kentsel alanlar habitatları kesintiye uğratıyor ve eski büyümeyi tercih ettikleri ve rahatsız edici alanlardan kaçındıkları için, örümcek maymunları habitat parçalanmasına iyi cevap vermiyor. Bazı bölgelerde örümcek maymunları spor ve yemek için avlanır. Ayrıca evcil hayvan ticareti için yakalanırlar.
2014'ten itibaren, örümcek maymunlarını koruma çabaları, mevcut nüfusların büyüklüğü ve durumu, korunan alanların etkinliği ve kaçak avlanma derecesi hakkında araştırmaları içermektedir. Brezilya, Columbia, Ekvador, Peru ve Venezuela gibi Güney Amerika ülkelerinde çok sayıda ulusal park, eyalet parkı ve çevre koruma alanı kurulmuştur. Bununla birlikte, bazı alanlarda, siyasi isyancıların ve ordunun yanı sıra park korucularının bulunmaması da uygulamayı zorlaştırmaktadır.
