Nikaragua, toplam 81.008.2 mil kare alana sahip, Orta Amerika'nın en büyük ülkesidir. Ülkenin yaklaşık 74.558 mil kare topraktır. Nikaragua kuzeyde Honduras ile uzun bir sınır ve güneyde Kosta Rika ile daha kısa bir sınır paylaşıyor. Batısında Kuzey Pasifik Okyanusu boyunca ve doğusundaki Karayip Denizi boyunca yaklaşık 565 mil uzanan bir sahil şeridine sahiptir.
Orta Amerika'daki en büyük iki tatlı su gölü olan Lago de Managua ve Lado de Nicaragua, Nikaragua'da bulunmaktadır. Rio San Juan, ülkenin doğusunda doğuya doğru Lago de Nicaragua'dan su taşımakta ve nihayet sularını Karayip Denizi'nde biriktirmektedir. Ovalar Rio tropik yağmur ormanlarına ve savanlara ev sahipliği yapan Río San Juan havzasından geçiyor. Nikaragua isthmus, Lago de Nicaragua ve Karayip Denizi arasında bulunan toprağı ifade eder. Rio Tipitapa, suyu Lago de Managua'dan güneye, Lago de Nicaragua'ya getiriyor. Ülkedeki en yüksek kotlar, ülkenin kuzeydoğusundaki merkezi dağlık denilen bir bölgede yer almaktadır. Ülkenin batı kısmı iki tektonik plakanın bir hatası boyunca yer almaktadır.