Tüm mühür türleri tehlike altında değildir, ancak tehlike altındaki birçok tür için, avlanma, iklim değişikliği ve doğal afetler gibi birçok farklı neden vardır. Birçok mühür türünün popülasyonları, insanlar, derileri, etleri ve balinaları için milyonlarca insanı öldürdüğü için, son birkaç yüz yılda düzenli olarak azalmaktadır.
İklim değişikliği nedeniyle değişen çevre ve Kuzey Kutup Denizi buzu azalması, benekli, sakallı, halkalı ve şerit contalar da dahil olmak üzere birçok mühür türünde hasara yol açmaya başladı. Topluca buz mühürleri olarak bilinen deniz buzundaki düşüş, bu türlerin çoğunun neslinin tükenme tehlikesiyle karşı karşıya kaldığı yüksek oranda yavru yavru ölüm oranlarına yol açmıştır.
Petrol sızıntısı, kirlilik ve diğer insan faktörleri de birçok fok türünü tehlikeye sokmada büyük rol oynamıştır. Yeni virüsler, 1997'de bir virüs nedeniyle toplam nüfusunun üçte ikisini kaybeden Akdeniz foku gibi bazı türlerin popülasyonunu da azalttı. Bazı mühür türleri aynı zamanda düşük genetik çeşitlilikten de muzdariptir ve bu da ortamlarındaki değişikliklere uyum sağlamalarını zorlaştırır.
Akdeniz foku, dünyadaki en çok tehlike altındaki mühür türlerinden biridir ve Hawai foku, Saimaa halka fokları ve Ungava fokları olarak da bilinen Lacs de Loups Marins liman foklarıdır.
