Honduras'ta bulunan başlıca yer şekillerinden bazıları, tepelerin ve dağların geniş iç platosu, Pasifik ovaları ve Karayip Ovaları'dır. Geniş bir nehir sistemi Sierra Madre dağlarını çaprazlar ve iç tepeler ve geniş, verimli vadiler bu bölgede bulunur.
Karayip Ovaları kumlu plajlarla çevrelenmiştir ve kuzey sahil şeridinde uzanmaktadır. Bu bölge, ıssız bir orman alanı, lagünler ve mangrov bataklıkları olan Sivrisinek Kıyılarını içerir. Pasifik ovaları büyük ölçüde daha küçüktür ve içlerinde yanmakta olan birkaç volkan adasının bulunduğu Fonesca Körfezi'ni çevreler. Bu ova alanı sahile yakın bataklık halini almaktadır. Genel olarak, Honduras su bakımından zengin bir ülkedir, hidroelektrik doğal kaynaklarından biri olarak kabul edilir. Yojoa Gölü adında sadece bir tane önemli göl var, fakat birçok önemli nehir var.
Dağlık iç bölge, Honduras nüfusunun çoğuna ev sahipliği yapar ve toplam alanın yüzde 80'ini oluşturur. Köylerde, kasabalarda ve ülkenin başkenti Tegucigalpa'da daha büyük olanlarda sayısız düz zeminli vadi bulunmaktadır. Bu bölgedeki arazilerin geçmesi zordur ve engebeli arazi nedeniyle ekim için uygun değildir. Toprak kalitesi de düşüktür. Ülke genelinde yayla bölgesi boyunca uygun ve belirgin bir çöküntü yaşanıyor ve kuzey ile güney kıyıları arasında nispeten kolay bir ulaşım yolu sağlıyor.
