Afrika ve Asya fillerinin asıl ataları, 16 milyon yıl önce doğu Afrika’nın günümüzdeki moderninde ortaya çıktı. Filin biyolojik ailesi, 7.6 milyon yıl önce başlayan 2.4 milyon yıllık bir sürede mammuthus, loxodonta ve elepha cinslerine ayrıldı.
Mamut cinsi, 12.000 yıl öncesine kadar Kuzey Amerika, Avrupa, Kuzey Asya ve Orta Meksika’yı doldurduğu söylenen mamutlar olarak bilinen hayvanları içerir. Loxodonta cinsi modern Afrika fili türlerini içerirken, elephas cinsi Asya fillerine atıfta bulunur. Afrika ve Asya fillerine en yakın yaşayan genetik akrabalar, yaban faresi, deniz inekleri ve altın köstebeklerdir.