DMSO jeli cilt üzerinde herhangi bir şeyin emilmesine neden olur, bu nedenle cildi kullanmadan önce iyice yıkamak önemlidir. Yüksek DMSO konsantrasyonları ölümcül olabilir. Olası ciddi yan etkiler arasında WebMD'ye göre alerjik reaksiyon, baş ağrısı, kaşıntı ve yanma vardır.
DMSO, bazı ilaçların güçlenmesine neden olabilir. DMSO ile alınması muhtemel tehlikeli ilaçlar arasında kalp ilaçları, kan sulandırıcıları, steroidler ve sedatifler bulunur. Karaciğer, böbrek veya kalp rahatsızlıkları, diyabet veya astımı olan kişiler, özellikle bir doktor tarafından yönlendirilmedikçe DMSO kullanmamalıdır. Daha az ciddi yan etkileri cilt tahrişini, rahatsız edici bir mideyi ve güçlü bir sarımsak kokusunu içerir.
Takviyeler FDA tarafından düzenlenmediğinden ve bazıları zararlı olabileceğinden, DMSO jelini kullanmadan önce doktorla konuşmak önemlidir. Bazı DMSO ürünleri, cilde absorbe edilebilecek safsızlıkları içerebilen endüstriyel sınıfta olabilir. Ağızdan alınan DMSO kabızlığa, ishali, kabızlığa veya kusmaya neden olabilir. Diğer olası yan etkiler baş dönmesi, uyuşukluk ve iştahsızlığı içerir, WebMD'yi belirtir.
Hamile veya emziren kadınlar, bir doktor tarafından aksi belirtilmedikçe DMSO jeli kullanmamalıdır. 2015'ten beri reçeteli bir ilaç olarak kullanılmasının yanı sıra DMSO'nun etkinliğini destekleyen bilimsel kanıtlar yoktur veya yoktur.