Derin diş temizliği zarar verebilir. Ağrının seviyesi hastaya, genel diş sağlığına ve diş temizliğinin ne kadar derin olması gerektiğine göre değişir. Diş hekimleri hastalara bölgeyi uyuşturmak ve enjeksiyon veya topikal anestezik jel gibi büyük rahatsızlıkları önlemek için farklı seçenekler sunar.
Diş derinliği temizliği standart temizlemeden ayrıdır ve bakteriler periodontal ceplere neden olduğunda genellikle gereklidir. Derinlemesine temizlik bakterileri azaltır ve iyileşmeyi sağlamak için enfekte bölgeyi temizler. Derinlemesine temizlik, diş eti altındaki plak ve tartar birikintileri ile birlikte enfekte olmuş diş yapısını temizleyebilir.