Depo-Provera'nın yan etkileri arasında WebMD'ye göre düzensiz adet kanaması, baş ağrıları ve gerginlik vardır. Diğer olası yan etkiler baş dönmesi ve depresyondur. Bazı kullanıcılar ayrıca sivilce veya iştahta değişiklikler yaşar.
WebMD'nin açıkladığı gibi, Depo-Provera'nın yan etkilerinin çoğu nadirdir. Depo-Provera alan kadınların yaklaşık yarısı, ilk yıldan sonra dönemlerine son verdi. Depo-Provera'yı iki yıldan uzun bir süredir alan kadınlar için osteoporoz ve kemik yoğunluğu olan diğer sorunlar için daha yüksek bir risk vardır. Doktorlar, Depo-Provera'daki kadınların kemik kaybını ve osteoporozu önlemeye yardımcı olmak için kalsiyum ve D vitamini takviyesi almasını önermektedir.