Bölgesel ekonomik entegrasyonun dezavantajlarından bazıları, işgücünün değişmesi, ticarette daha az verimlilik, üye olmayanlar için ticari engellerin yaratılması ve bir dereceye kadar egemenliğin kaybıdır. Ekonomik entegrasyon, Bununla birlikte, üye ülkeler arasındaki ticaret engellerini yıktığı için uluslararası kalkınmanın anahtarı olarak kabul edilir.
Bölgesel ekonomik entegrasyonun en önemli noktalarından biri, işgücünde bir değişimi teşvik etmesidir. Örneğin, belirli bir bölge kazançlı fırsatlar sunuyorsa, çoğu profesyonel kendi ülkelerinden ülkeye daha iyi fırsatlarla taşınmak zorundadır. Bu, diğer ülkelere rekabet etmeye çalıştığı için ülkeye yeni zorluklar yaratabilir.
Başka bir suçlayıcı, ticaret yetersizliğinin artırabilmesidir. Örneğin, geleneksel olarak belirli bir ülkeyle ticaret yapan bir ülke varsa, ülkelerin ekonomik birliğe ait olmayan diğerleriyle ticaret yapmasını önleyen yeni yasalar çıkarıldığında ticareti durmak zorunda kalabilir. Sendika içindeki ülkeler daha düşük fiyatlar sunabilir veya çok pahalı olabilir, bu da ticareti zorlaştırır veya daha az karlı hale getirir.
Yeni bölgesel yasalar yürürlüğe girdiğinde, üye ülkeler bazı konularda egemenliklerini kaybedebilir. Yeni yasalar, yeni şeyler yapmadan önce fikir birliği kuracak ve konsensüs yapacak tüm ülkeler olabilir ve bu bir egemenlik kaybı olarak kabul edilebilir.
