Bölgesel entegrasyonun dezavantajları, sınırlı mali kabiliyetler, kültürel merkezileşme, ticari blokların oluşturulması, ticaretin çeşitlendirilmesi ve bir dereceye kadar egemenliğin teslim edilmesidir. Bölgesel entegrasyon, egemen ülkeler arasında kurulan çeşitli ekonomik ve politik anlaşmaları ifade eder.
Bazı bölgesel entegrasyon anlaşmalarına bazı örnekler arasında Güneydoğu Asya Ülkeleri Anlaşması Birliği, Avrupa Birliği, Kuzey Amerika Serbest Ticaret Anlaşması ve Petrol İhraç Eden Ülkeler Örgütü dahildir.
Avrupa Birliği gibi bazı bölgesel entegrasyon anlaşmaları ortak bir para birimi yaratıyor ve bu mali krizlere yol açıyor. Bölgesel entegrasyonla, tek tek ülkeler ekonomik koşullarını yerine getirmek için para birimlerinin arzını kontrol edememektedir. Daha güçlü bir işletme, euro gibi bir para birimini kontrol ettiğinde, tek tek ülkeler para birimlerini kontrol etme gücünden vazgeçerler ve bu da ekonomilerini zayıflatır.
Bölgesel entegrasyon, bir bölgedeki eşsiz kültürlerin kaybına neden olabilecek kültürel merkezileşmeye yol açar. Örneğin, Avrupa Birliği, birkaç dili yalnızca Breton, Welsh ve Frisian gibi Avrupa'daki uzak topluluklar tarafından kullanılan dilleri hariç tutan, resmi iletişim aracı olarak görmektedir.
Bölgesel entegrasyonların çoğu, üye olmayan ülkelere karşı engelleri artırma eğilimindedir ve bu da alım satım blokları yaratmaktadır. Ticaret engelleri oluşturulduğunda, ülkeler ticareti yapabilecekleri kayıplardan bağımsız olarak ticareti üye ülkelere yönlendirirler. Örneğin, üye bir ülke, daha ucuz bir fiyata mal üreten üye olmayan bir ülkeyle alım satımı durdurur ve aynı malları daha yüksek bir maliyetle üreten üye ülkeyi seçer.
Bölgesel entegrasyon anlaşmaları oluşturulduğunda, üye ülkelerin maliye, ticaret ve para politikaları gibi kilit politikalar konusunda bazı yetkiler bırakmaları gerekmektedir.
