Olgun kutu kaplumbağalarında cinsiyeti gösterebilecek fiziksel özellikler, kabuğun tabanının şekli, kuyruğun kalınlığı, pençelerin uzunluğu, gözlerin rengi ve anüsün yeridir. Kabuğun altı normal olarak erkeklerde içe doğru kıvrımlıdır ve dişilerde düz ya da dışarıya doğru kıvrılmıştır.
Erkek bir kaplumbağanın kuyruğu genellikle tabanda dişidakinden daha kalındır ve ön ve arka pençeleri de erkekler için daha uzundur. Erkeklerde ayrıca gözleri genellikle kahverengi olan dişilere kıyasla gözlerinde turuncu veya kırmızı bir belirti olabilir. Son olarak, olgun erkek kaplumbağalar üzerindeki anüs, kabuğun kenarının ötesinde bulunur, oysa dişiler için normalde gizlenir.
Kutu kaplumbağalarının cinsel organları kabuk içinde bulunduğundan, çok genç bir kaplumbağanın cinsiyetini söylemek son derece zordur. Bir kaplumbağanın cinsel olgunluğa ulaşması dört yıl kadar sürebilir ve yetişkinliğe ulaşmadan önce 16 yıl daha sürebilir. Bir kutu kaplumbağanın ömrü çok uzun. Örneğin, doğu kutu kaplumbağası vahşi ortamda 40 yıla ve esaret altında 100 yıl veya daha fazlasına yaşayabilir.
