Almanya’daki en büyük su kütleleri Tuna, Ren, Elbe ve Weser nehirleridir. Almanya’nın bazı küçük gölleri vardır, ancak bunlar çoğunlukla buzuldur ve dağlarda bulunur. En büyük göl Bodensee, Almanya'nın İsviçre ve Avusturya ile sınırında yatıyor.
Almanya'daki en büyük nehirler Tuna ve Ren'dir. Ren Nehri 820 mil uzunluğundadır. İsviçre Alpleri'nde başlar ve kuzeye Kuzey Denizi'ne uzanır. Daha küçük nehirler ve kollar, Ren sistemini oluşturuyor. Bunlar arasında Lippe, Ruhr, Mosel, Neckar ve Ana nehirler var. Ren Nehri, Almanya için özellikle kritiktir çünkü tüm uzunluğu boyunca tekneyle gezinerek mallar için önemli bir nakliye rotasıdır.
Avrupa'nın en büyük nehirlerinden biri olan Tuna, güney Almanya'da bulunuyor. Almanya'nın ünlü Kara Ormanı'nda başlar ve doğuya doğru Karadeniz'e doğru akar. Elbe sistemi, Almanya'daki en uzun ikinci nehirdir. Oder ve Neisse nehirleri, Almanya'daki ana nehirler olmasa da, Polonya ve Polonya arasındaki sınırı oluşturur.
Nehirler ve ara sıra göl dışında, mineral su kaynakları Almanya'da önemli bir özelliktir. Bu su kaynakları hem sıcak hem de soğuk sulara sahiptir ve ünlü kaplıcaların temelini oluşturur.