Almanya'da akan başlıca nehirler Ren, Tuna ve Elbe'dir. Çoğu Alman şehri bu nehirlerin kıyısında inşa edilmiştir. Diğer önemli nehirler arasında Weser, Spree, Oder, Moselle, Main, Lech, Lahn, Isr, Havel ve Ems bulunur.
Ren, Almanya'daki en uzun, Avrupa'nın ise en uzun 12. nehridir. Güneydoğu İsviçre Alpleri'nde başlar ve Almanya üzerinden akmadan ve ardından Hollanda üzerinden Kuzey Denizi'ne boşaltmadan önce Fransa-Almanya sınırının bir bölümünü oluşturur. Yaklaşık 820 mil uzunluğunda ve yolu boyunca birkaç şube ve kollara sahiptir.
Tuna, Donaueschingen kasabasındaki Kara Orman'dan doğar. Daha sonra, Orta Avrupa'daki dört başkentten geçerek Ukrayna ve Tuna Deltası'ndan Karadeniz'e akmadan önce güneydoğuya akar. Tuna nehri 10 ülkenin sınırlarına dokunuyor ya da geçiyor: Macaristan, Sırbistan, Avusturya, Almanya, Bulgaristan, Slovakya, Romanya, Hırvatistan, Moldova ve Ukrayna. Drenaj havzası dokuz ülkeye daha uzanır.
Elbe, Bohemya'ya, ardından Almanya'ya gidip Kuzey Denizi'ne boşalmadan önce Kuzey Çek Cumhuriyeti'ndeki Krkonose sıradağlarında yükselir. Ana kolları Ohre, Schwarze Elster, Mulde, Havel, Saale ve Vltava nehirlerini içerir. Elbe Nehri havzası, Avrupa'nın dördüncü en büyüğüdür ve yaklaşık 24,5 milyon insanın yaşadığı yerdir.
