Takımın web sitesine göre, San Francisco 49ers futbol takımı California Gold Rush'a katılanların ismini aldı. Bu insanlar 4949 olarak tanındı. . İsmin önerisi takımın kurucusu Tony Morabito'dan geldi. Orijinal 49ers logosu, iki tabancayı ateşleyen bir madenci resmi olduğu için takımın adını yansıtıyordu.
San Frisco 49ers takımı 1946'da kuruldu. Bundan önce, Morabito 1942'de West Coast ekibine başlama olasılığı ile Ulusal Futbol Ligi'ne yaklaştı, ancak fikir hızla reddedildi. 1944'te Amerikan Futbolu Konferansı'nda yeni bir lig kurulduğunda Morabito, San Francisco bayiliğini kurmaya başladı.
Lawrence Shaw, takımın ilk teknik direktörü olarak seçildi. Takımın ilk sezonunda Frankie Albert, Bruno Banducci ve Joe Ventrano dahil toplam 32 oyuncu seçildi. 49ers Chicago Rockets'a karşı ilk maçını kazandı. İlk başarıya rağmen, 49ers ilk sezonunu sadece üç galibiyetle bitirdi.
Morabito 1957'de ölümüne kadar takımın mülkiyetini elinde tuttu. Küçük kardeşi Victor, ailenin takıma sahipliğini sürdürdü, ancak takım sonunda 1977'de Edward DeBartolo Jr.'a satıldı.
