USB flash sürücülerin ana dezavantajı sınırlı yazma ve silme çevrimleridir. Biri yalnızca yaklaşık 100.000 kez yazılabilir ve silinebilir. Bu, ortalama kullanıcıyı büyük ölçüde etkilemese de, bir işletim sistemini veya uygulama yazılımını çalıştırmak için başparmak sürücüsünü kullanmak isteyen kullanıcılar için önemli bir husus olmalıdır.
Başparmak sürücüler kompakt ve taşınabilir olacak şekilde tasarlanmıştır, ancak küçük boyutları yanlış yerleştirilmelerini ve kaybolmalarını kolaylaştırır. Durumu düzeltmek için, bazı üreticiler flaş sürücülerini boyunluklara, kolyelere ve anahtar zincirlerine takılabilecek şekilde tasarlar. Flash sürücüler bilgisayar virüslerini yayma konusunda ünlüdür. USB sürücüsünde yazma koruma mekanizması yoksa, virüs bulaşmış bir bilgisayar içeriğine erişmek için kullanıldığında anında virüs bulaşır.
USB flash sürücülerin depolama birimi başına fiyatı, harici sabit disklere göre daha yüksektir. Ayrıca kapasite bakımından daha küçüktürler. Harici sabit disklerde 2 TB'a kadar depolama alanı varken, Flash sürücüler 128 GB'a kadar depolama kapasitesine sahip olabilir. Flash bellek, statik elektriğe kolayca duyarlıdır ve en küçük elektrik yükü bile veri kaybına ve geri dönüşü olmayan hasara neden olabilir. Flash sürücülerin temel kullanım kalitesi, taşınabilir ve kullanışlı olmalarıdır.
