Sir Francis Drake iki kez evliyken, eşlerinden hiçbiriyle hiçbir çocuğu yoktu. İlk karısı Mary Newman, 1583 yılında 12 yıllık evliliğin ardından öldü. Sir Francis Drake, 1585 yılında ikinci karısı Elizabeth Syndenham ile evlendi.
İkinci karısı, Drake'in daha sıradan aile geçmişine keskin bir tezat oluşturan etkileyici bir aileden geliyordu. Sir Francis Drake ilk olarak 12 ya da 13 yaşlarında küçük bir ticaret gemisinin çırağı olarak denize gitti. 1577-1580 yılları arasında Sir Francis Drake, İspanyol gemilerini ve yerleşim yerlerini yağmalayıp yağdırırken dünyayı dolaşan bir sefer başlattı.