"Sineklerin Efendisi", yalnızca kendilerini bir adanın tek sakinlerini bulmak için bir uçak kazasında hayatta kalan bir grup İngiliz okulunun hikayesini anlatıyor. Hayatta kalmak için yiyecek avlamak, barınak oluşturmak ve kendi medeniyetlerini geliştirmek zorundalar.
"Sineklerin Efendisi" nin ana teması, medeniyet ve vahşilik arasındaki farkları ortaya koymaktır. Öğrencilerin üzerinde durdukları uçak, savaş sırasında vuruldu, bazı yolcuları ve pilotu öldürdü, çocuklara rehberlik etmek için yetişkin bir figürü kalmadı. Üç ana karakter Jack, Ralph ve Piggy arasında bir güç mücadelesi geliştikçe, Ralph hızla görev alır. Jack'in desteğiyle, erkeklerin lideri olur, Piggy ise yabancıdır, erkeklerin uzun süre hayatta kalması için endişelenir.
Zaman geçtikçe, Ralph Piggy'nin olgunluğunu takdir edecek şekilde büyürken, Jack erkekler arasında anarşi ve vahşeti teşvik eder. Sonunda, Jack, diğer çocuklar üzerindeki etkisinin çoğunu kazanır ve onları, diğer çocukların ellerinde Domuzcuk ve diğer bir çocuk Simon cinayetleriyle sonuçlanan uygarlıklarının kalıntılarını bırakmaya teşvik eder. Piggy'nin ölümünden sonra, diğer çocuklar hayatı boyunca koşarken sahilde çöküp, bir deniz subayı tarafından bulunan Ralph'u avlamaya başlar. Memur, Ralph'ın hikayesine inanmıyor, erkeklerin sadece oyun oynadığını düşünüyor. Çocuklar adadan alındı ve deniz gemisinde İngiltere'ye geri döndü.