Seçici ıslah, köpekler için kalp problemleri, böbrek hastalığı, ısınma prostrasyonu, vücudu serinletmeme, işitme ve görme problemleri ve kan hastalıkları riskini arttırma gibi çeşitli riskler oluşturur. Seçici üreme duygusal veya nörolojik problemler de yaratabilir. Bull Terriers gibi bazı ırkların kuyruklarını aralıksız takip etme eğilimindeyken, İskoç Toprakları heyecanlandıklarında kas kontrolünü kaybedebilir.
Seçici ıslah, küçük ve büyük köpekler için risk oluşturur. Küçük köpekler yüksek tansiyona ve yanlış diz çökmüş dizkapağı gibi iskelet anormalliklerine eğilimlidir ve bu da dizkapağı çıkığına neden olur. Daha büyük cins köpekler, kemiklerinde kötü huylu tümörler geliştirebilir, çünkü anormal derecede yüksek ağırlıkları, iskelet sistemlerine aşırı baskı uygular ve ortopedik sorunlara eğilimlidir.
Düz yüzler veya buruşuk cilt gibi bazı belirgin özellikleri olan köpekler arasında da problemler ortaya çıkmaktadır. Puglar ve Pekingese gibi düz yüzlü köpekler, yeterli nefes almayı engelleyen kısa ve dar burun geçişlerine sahip olabilir. Bloodhounds, göz çevresindeki kırışık ciltte göz problemleri geliştirebilirken, Çin Shar-Pei ve diğer ırklarda cilt tahrişi ve kırışıklıklardan kaynaklanan enfeksiyonlar gelişebilir. Anormal derecede dar kalçaları olan dişi buldozerler genellikle Sezaryan bölümlerinden genç yaşta geçirir.
Portekizli su köpekleri, Standart Poodles ve Basset Hounds gibi bazı ırkların bağışıklık sistemi zayıf. Bazı kanserler, organ problemleri ve diğer hastalıklar gibi, seçici şekilde üreyen köpeklerde ortaya çıkar.
