WebMD'ye göre, tedavi bölgesinde özellikle de şişlik ve morarma rahatsızlığı, radyofrekans ablasyonunun ana yan etkisidir.
MedCentral Health System'a göre, radyo frekansı ablasyonu sırasında cihazın içinden geçen elektrik akımı nedeniyle elektrik yanıkları da meydana gelebilir. Enjeksiyon bölgesi yakınındaki sinirler ve kan damarları zarar görebilir, ancak bu komplikasyonlar genellikle küçüktür. Ciddi yan etkiler ve önemli komplikasyonlar çok sık gerçekleşmez. Kalp hastalığı, kötü kontrollü diyabet veya enfeksiyonu olan hastalar diğer alternatifleri göz önüne almalı veya işlemi ertelemelidir. Kan inceltici ilaç tedavisi alan birisinin radyofrekans ablasyonuna uğramaması gerekir.
Cedars-Sinai,Bu prosedürün olası komplikasyonları, radyofrekans ablasyonu sırasında kullanılan kontrast boyaya alerjik bir reaksiyonu içerdiğini söylüyor. Tedavi bölgesinde çevreleyen dokuya lokal anestezik uygulandığında uyuşma meydana gelebilir. Enjeksiyonu, bölgeyi saran cildin iyice sterilize edilmemesi durumunda da oluşabilir. Doktorlar enfeksiyon riskini en aza indirmek için prosedürden önceki sabah duşta antibakteriyel sabun kullanılmasını önermektedir.
Daha şiddetli fakat çok daha az yaygın olan komplikasyonlar ve yan etkiler, Girişimsel Radyoloji Seminerlerine göre diyafram, gastrointestinal sistem, safra kesesi ve safra kanallarındaki yaralanmaları içerir. Bu yan etkiler lezyonların tedavisi sırasında veya sindirim organlarında anormal doku büyümesi sırasında ortaya çıkar. Doktorlar, ciddi yan etkileri önlemek için elektrot ile hayati organların duvarı arasındaki mesafeyi yakından izlemelidir.