Vaftizciler ve Presbiteryenler vaftiz pratiği konusunda farklı görüşlere sahipler. Baptistler vaftiz edilen kişinin suya batırılmadan önce Mesih'e olan inancını savunması gerektiğine inanırken, Presbiteryenler insanların sulandırılması gerektiğine inanıyor daldırma gibi su kutsal değildir. Presbiteryenler ayrıca bebeklerin inançlarını ifade etmemelerine rağmen vaftiz edilebileceklerine inanmaktadır. Baptistler insanların günahla doğduğuna inanıyor, bu yüzden vaftiz edilmeden önce tövbe edecek kadar yaşlı olmalılar.
Presbiteryen kiliseleri, vaftiz edilmemiş kişilerin, herhangi bir inancı ifade etmemiş olsalar bile, cemaat almalarına izin verir. Öte yandan vaftizciler yalnızca vaftiz olanların ve katılma inancına sahip insanların girmesine izin verir.
Baptistler, her kilisenin bağımsız olduğuna inanırken, Presbiteryen kiliseleri yasama ve adli kilise kuruluşlarına cevap vermelidir. Presbiteryen cemaatlerinin üyeleri, yanlış yönetim veya başka herhangi bir konuda endişeleniyorlarsa, Presbiteryen’e itiraz edebilirler;
Presbiteryen rahiplerinin, görevlendirilmeden önce bir üniversite diplomasına veya başka bir eğitim belgesine sahip olmaları gerekir. Presbytery ayrıca papazın İbranice ve Yunanca bilgisinin yanı sıra felsefe, etik ve kilise yönetimini de kontrol eder. Baptistler, bir kişinin rahip olmak için bir çalışma kursu gerektirmediğine inanır; bunun yerine, Tanrı'nın erkekleri bakanlığa çağırdığına ve müjdeye dair bilginin ve ruhları koruma arzusunun gerekli olduğunu düşünüyorlar.
