Peru’daki doğal bitkilerin bir kısmı monokotiledonlar, dikotiledonlar, Oxychloe andina gibi minder bitkileri, Buddleja coriacea gibi ağaçlar ve Blechnum loxense gibi otlakları içerir. And Dağları tarafından kaplanmıştır. Ülkenin geri kalanında Amazon Nehri bölgesinin ormanları ve ormanları bulunur.
Ülkede 21.462 türün yaşadığı ve 5.855'in Peru'ya özgü olduğu tahmin edilmektedir. Peru’daki en büyük ekolojik bölge, Peru ve Bolivya’nın And Dağları’ndaki Orta Andya Islak Puna bölgesidir. Peru'nun bu bölgesinde 1000 ila 1,500 arasında vasküler bitki bulunduğu tahmin edilmektedir. Monokotiledonlar bitki örtüsünün yaklaşık yüzde 40'ını oluşturur. Dev Puya raimondii bitkisi Huarez'in yakınında büyüyor ve Peru'nun en iyi bilinen bitkilerinden biri olarak kabul ediliyor.
Yüksek Andsu sulak alanlarda, bilim adamları 2009'dan önce bilinmeyen Senecio sanmarcosensis bitkisini keşfettiler. Cacti, Peru kıyılarında ve Yaylalarda yetişiyor. Peru'da bulunan diğer bitki örtüsü ise orkide, yosun, palmiye ağaçları, gölgelik bitkileri ve ichu otlarını içerir.
