Nehirler, tropikal yağmur ormanlarında bulunan başlıca su kütlesidir. Çoğu yağmur ormanı, tüm ekosistemi besleyen büyük bir nehri ve Amazon nehri gibi büyük su kütlelerine akan daha küçük nehirleri içerir ve onun birçok kolları.
En ünlü yağmur ormanı nehri, saniyede 7,381,000 metreküp deşarj ile su tahliyesinde dünyanın en büyük nehri olan Amazon'dur. Amazon nehri yağmur ormanlarının kurak mevsiminde 1 ila 6 mil genişliğindedir, ancak yağışlı mevsimlerde 30 mil genişliğinde olabilir. Aynı zamanda dünyanın ikinci en uzun nehri ve en büyük drenaj havzasıdır.