Özelleştirilmiş yazılımların en önemli avantajı, kullanıcıların belirli gereksinimlerini karşılamak için özel yapılmış olmasıdır. Bir işletmenin yazılımdan tam olarak yararlanabilmesi için süreçlerini ayarlaması gerekmez. Özelleştirilmiş yazılım hazır yazılım paketlerinden daha ölçeklenebilirdir. Ayrıca donanım satın alma maliyetinde tasarruf sağlar.
Özelleştirilmiş yazılım, belirli bir işletmenin gereksinimlerini karşılamak için özel olarak tasarlanmıştır. Bu tür bir yazılım, bir işi dış tehditlere karşı korumaya yardımcı olabilir. Yaygın olarak kullanılan hazır yazılım, bilgisayar korsanlığına karşı savunmasızdır. Özelleştirilmiş yazılım, bilgisayar korsanları için olası bir hedef olmayabilir, çünkü sistemin nasıl ihlal edileceğini anlamak için çok daha fazla çaba gerektirebilir. Özelleştirilmiş yazılımların mevcut sistemlerle uyumlu olması daha olasıdır. Çok sayıda hazır yazılım paketinin tamamen iyi ve gecikmeden uyum sağlaması daha olası değildir. Kullanıcılar, kullanımda olmaları gerektiği sürece özelleştirilmiş uygulamaları koruyabilirler. Hazır yazılım paketleriyle birlikte, bir işletme yazılım geliştiricilerin veya tedarikçilerin insafına kalmış durumda. Yazılım geliştiricilerin işsiz kalması veya ürünün bakımını yapmamaya karar vermesi durumunda, kullanıcı yazılıma geçmek zorunda kalır.
