Nil Nehri olarak bilinen sistem Tanzanya, Uganda, Ruanda, Burundi, Kongo Demokratik Cumhuriyeti, Kenya, Etiyopya, Eritre, Güney Sudan, Sudan ve Mısır ülkelerinden geçmektedir. Beyaz Nil'in aktığı ülkeler Sudan, Güney Sudan, Ruanda, Tanzanya, Uganda ve Demokratik Kongo Cumhuriyeti'dir. Mavi Nil Etiyopya ve Sudan'dan geçer. Nil'in ana kısmı Sudan ve Mısır'dan geçer.
Beyaz Nil, Nil Nehri'nin ana kaynağıdır ve Afrika'nın Büyük Göller bölgesinden akan nehirlerin buluşma noktalarında başlar. Nil Nehri'nin ikinci ana kaynağı Etiyopya'daki Tana Gölü'nde başlayan Mavi Nil'dir. Bu nehirler bir araya geldiğinde, ortaya çıkan nehir, yalnızca Nil Nehri olarak bilinir. Nil Nehri'nin bir parçası olarak görülen ek kaynaklar arasında Burundi'deki Ruvyironza Nehri ve Ruanda'daki Nyabarongo Nehri sayılabilir. Nehrin Uganda'daki Victoria Gölü'nden ayrılan kısmı, Victoria Nil'i olarak bilinir. Toplamda, Nil Nehri olarak kabul edilen nehir sistemi, Akdeniz'in Mısır kıyı şeridi boyunca yer alan nehrin ağzıyla toplam 4.258 mil uzanıyor. Aktığı başlıca şehirler Güney Sudan'da Juba, Mısır'da Kahire, Sudan'da Hartum, Uganda'da Jinja.
