Ekonomik ve Mali Suçlar Komisyonu'nun bir kısaltması olan Nijerya’daki EFCC’nin tarihi 2003’te kurulmasına başlamıştır. yolsuzluk suçlamasıyla ilgili bireyler, birkaç banka yöneticisi ve devlet memuru dahil.
Kuruluşun tarihindeki önemli olaylar arasında, 2008 Sağlık Bakanlığından çalınan fonları kullanan rüşvet şüphesiyle 2008 Iyabo Obasanjo-Bello soruşturması da yer alıyor. Dava, daha sonra Sağlık Bakanı ve yardımcısının bakanlığa tahsis edilen kullanılmamış fonlardan yaklaşık 300.000 dolar çalmakla suçlanmasıyla yargılanmasına yol açtı.
14 Eylül 2010'da, EFCC'nin adli biriminin başı olarak görev yapan Abdullahi Muazu, Kaduna'da öldürüldü. Ölümünden önce, Nijerya’daki birçok etkili banka başkanını içeren davalara aktif olarak dahil oldu.
EFCC’nin Nijerya’daki yasal yetkisi mali suçlarla sınırlıdır. Komisyon, 2014 yılı itibariyle doğrudan Nijerya Devlet Başkanı yönetiminde bulunmaktadır. Bu, saltanat başkanının EFCC başkanını atamasını ve görevden almasını sağlar. Bunun bir örneği, 23 Kasım 2011 tarihinde, Cumhurbaşkanı Goodluck Jonathan'ın başkanı Farida Mzamber Waziri'yi görevden alıp İbrahim Lamorde ile değiştirdiği zaman meydana geldi.
