New York’un fiziksel özellikleri dağları, gölleri, nehirleri ve kıyı ovalarını içerir. Özelliklerin geniş bir yelpazesi, yerel bitki ve hayvanlar için geniş bir habitat yelpazesi sunar.
Marcy Dağı, 5,344 fit yükseklikle New York'ta en yüksek nokta. Adirondack Dağları, eyaletin kuzey kesiminde yer alır ve çevre bölge, bitişik ABD'deki en büyük milli parkı oluşturur. Devletin en alt kısmı, New York'un güneydoğudaki Atlantik okyanusuyla birleştiği bölgeleri içeriyor.
New York'un başlıca nehirleri Hudson Nehri, Mohawk Nehri ve Genesee Nehri'dir. Ontario Gölü, Erie Gölü, Champlain Gölü ve George Gölü eyaletin göllerini oluşturur.