Alimler, Musa ve Ramses II arasında gerçek bir ilişki olduğunu ispat edemezler çünkü Rameses II'nin İncil'de Musa ile birlikte belirtilen firavun olup olmadığı açık değildir. Aslında, bilginler bile Musa'nın Mısır'da geçirdiği süre boyunca iki firavun olup olmadığını ya da sadece birisini görmezden geliyorlar.
Eğer II. Ramses, Mısır'daki İbranice göçü sırasında hüküm süren firavunlardan biriyse, kızı Musa'yı nehirden seçip onu kraliyet ailesinin bir parçası yapan evlat edinen kişiydi. Bazı teoriler Ramesses II'nin selefi olan I. Set'in Musa'yı evlat edinen kadının babası olduğunu söylüyor, ancak bu daha sonra Rameses II'yi Musa'nın Kızıldeniz'de ölen ikinci firavunu yaptığını söylüyor ve tarihsel ifadeler şöyle diyor: Ramses II evinde öldü.
Diğer bir problem, bilginlerin eski Mısır tarihinde Musa adında bir adamdan özel bir söz bulamamasıdır. Bununla birlikte, Musa adının, iz bırakmadan tarihe kaybolan firavun Aminhotep III'ün gizemli oğlu olan Thutmose'dan türetildiği bir çalışma teorisi vardır. Yine başka bir teori, Thutmosis III'ün İbranice göçü sırasında firavun olduğunu söylüyor. Her iki durumda da, Musa ve Ramses II arasında açık bir ilişki yoktur.
