Mısır'daki en büyük dağlık bölgelerden bazıları Sina Yüksek Dağ Bölgesi, Halayeb Üçgeni ve Doğu Çöl dağlarıdır. Üçgen, Kızıldeniz'in Afrika sahilinde olup, 2014 yılından itibaren Sudan ve Mısır arasında tartışmalı bir dağ silsilesidir. Eastern Desert dağ silsilesi Sahara Çölü'ndedir.
Gebel Katherina veya Catherine Dağı, Sina Yüksek Dağ Bölgesi'nde bulunur ve zirveye yüksekliği 8,625 fit olan ülkenin en yüksek dağıdır. Yanında, aslında zirvelerden oluşan bir koleksiyon olan ünlü Sina Dağı yer almaktadır. Gebel Musa denilen dağın güney ucu, dini açıdan büyük bir öneme sahip ve İncil'deki bir yer olarak kabul edilir.
Halayeb Üçgeni'ndeki en yüksek dağı 4.708 fitte Gebel Elba'dır. Bir doğa rezervi olarak ilan eden Mısır, 2014 yılı itibariyle bölgenin kontrolünü elinde bulundursa da, Sudan bölgeye dair iddialarda bulunuyor. Kızıldeniz'den birkaç mil uzakta bulunan Elba Dağı, bölgedeki diğer kıyı dağlarından daha fazla yağış alır ve Mısır'ın en geniş bitki tür yelpazesine sahiptir. Shaiyb al-Banat Dağı, anakaradaki Mısır'da, Sina Yüksek Dağ Bölgesi'nin dışındaki en yüksek tepedir. Dağın kendisi dört tepe zirvesine sahip ve Gebel Shayeb El-Banat'ın en yüksek seviyesi 17,175 feet'tir.
