Madagaskar'ın başlıca nehirleri, doğu yaylalarında başlayıp Mozambik Kanalı'na batıdan akan Betsiboka, Tsiribihina, Mangoky ve Onilahy nehirlerini içerir. Bu nehirlerin birçoğu verimli vadilerden akar ve adanın bitkilerin sulanmasını sağlar. Madagaskar'daki en uzun nehir, başkent ve en büyük şehir olan Antananarivo'nin doğusunda akan Betsiboka'dır.
Betsiboka Nehri, Madgascar'ın kuzey kıyısındaki Mahajanga limanına düzenli olarak taşmaktadır. 2000'li yılların başlarında yüzlerce yıllık ormansızlaşma ve şiddetli yağmur nedeniyle, Betsiboka Haliçinde büyük erozyon yaşandı. Tropikal yağmurlu dağlardan ve yamaçlardan kıyıya doğru kırmızı silt taşınmış. Tropical Cyclone Gafilo 2004'te Madagaskar'a çarptığında erozyon yoğunlaştı. Okyanusa giden gemiler bir zamanlar Betsiboka'ya gidebiliyorlardı, ancak şimdilerde büyük miktarda silt, büyük gemilerin yukarı akıntıya gitmesini engelliyor.
Madagaskar'ın batıdaki nehirleri daha yavaş akıyor ve birkaç nehir vadisine yayıldı. Doğu sahili nehirleri, yüksek dağlardan Hint Okyanusu'na hızlı bir şekilde yolculuk eder. Bazı doğu nehirleri Hint Okyanusu'na akan şelalelere sahiptir.
Betsiboka, Ikopa ve Mangoky gibi büyük nehirler birkaç yüz binlerce kilometrekare havzayı boşaltır. Bu havzalar başlıca ürünlerden, mangrov ağaçlarından ve tropik ormanlardan sorumludur.
