Keşif Çağı’nın olumsuz etkilerinden bazıları, Amerikan yerlilerinin nüfusunun savaşlar ve nakledilen Avrupa hastalıkları, önceden var olan Yeni Dünya uygarlıklarının yıkılması ve Atlantik Köle Ticareti. Amaç, Avrupa’dan batıya yelken açarak Asya ticaret pazarlarına yeni bir rota bulmak olsa da, 1492’de daha önce bilinmeyen Amerika kıtasının keşfi, burada bulunan altın ve gümüş için yeni bir pazar yarattı. İspanyol fetihçiler çok geçmeden kıymetli madenleri bulmak için kıtanın güney kesimlerinden geçtiklerinde yerli uygarlıklara karşı başarılı ve çoğu zaman yıkıcı bir fetih kampanyası başlattılar.
Amerikan yerlilerinin nüfusunun yüzde 70 ila 90'ının Avrupa hastalıkları nedeniyle kaybolduğu tahmin ediliyor. Avrupalıların servet ve kaynakların doğal topraklardan sistematik olarak çıkarılması, özellikle İspanyol fetihçilerin savaş ve zorla çalıştırma kullanımı yoluyla seçilmesi de ölüm cezasına eklendi.
Amerika'da yayılan şeker, tütün ve pamuğun nakit mahsulleri, yoğun miktarda emek harcanmasını gerektirdi ve Atlantik Köle Ticaretine yol açtı. Yaklaşık 400 yıl boyunca köle ticareti sırasında, tarihteki en büyük zorunlu deniz göçü haline gelen Afrika ve Yeni Dünya'ya 11 ila 15 milyon köle taşındı. Tahminler, köleleştirilmiş yolcuların üçte birinin Atlantik Okyanusu'ndaki yolculukta hayatta kalamayacağına işaret ediyor. Amerika Birleşik Devletleri 1808'de Afrika kölelerinin ithalatını yasakladı, ancak kölelik uygulaması 13. Değişiklik 1865'te kabul edilene kadar yasal kaldı.