John Hagee, 1975'te ilk karısı Martha Downing'den boşandı. John ve Martha, 1960'da evlendi ve çiftin iki çocuğu vardı: Christopher ve Tish.
John Hagee, Trinity Kilisesi'nin kurucusu ve kıdemli papazıydı. Bekleyen boşanmasının haberi cemaatini şaşırttı. Martha, boşanmada iki çocuğunun velayetini aldı. Boşanmasının ardından 1975 yılında, Hagee yeni bir kilise olan The Cornerstone Church'u kurdu. Yeni kiliseyi kurduktan sonra Hagee, Diana Castro ile evlendi ve birlikte üç çocuğu oldu: Christina, Mathew ve Sandy. Hagee 13 torun almaya devam etti.
Bazıları Hagee'nin eski kilise cemaatinin bir üyesi olan Diana Castro ile evlilik dışı bir ilişkisi olduğunu iddia ediyor. Hagee'nin kilisesine ahlaksızlığını kabul eden bir mektup yazdığı iddia edildi.
