John Denver'ın ilk karısı, 1967'de evlendiği Annie Martell'di. İkinci karısı, Annie Martell'den boşandıktan altı yıl sonra 1988'de evlendiği aktris Cassandra Delaney idi. p>
John Denver, grubuyla birlikte sahne aldığı Minnesota’daki bir üniversitede Annie Martell ile tanıştı. İkisi ertesi yıl evliydi ve daha sonra Zachary ve Anna Kate olmak üzere iki çocuğu evlat edindi. Denver ve Martell 1982'de boşandı.
Denver, iki yıllık bir kurstan sonra ikinci karısı oyuncu Cassandra Delaney ile evlendi. Denver ve Delaney'nin bir kızı Jesse Bell vardı. Çift 1991 yılında ayrıldı ve 1993 yılında boşandı.