Japonya'nın komşu ülkeleri Güney Kore, Kuzey Kore, Rusya ve Çin'dir. Japonya, doğu Asya'da bulunan ve Japonya'nın Kuzey Pasifik Okyanusu ve Denizi ile çevrili bir takımada ülkesidir.
Japonya'nın dört ana adası Honshu, Kyushu, Hokkaido ve Şikoku'dur. Kore yarımadası, Kyushu adasından yaklaşık 124 mil uzakta, Rus sahili ise Hokkaido adasından 186 mil uzakta, Rus adası Shakhalin ise Japonya'dan sadece 23 mil uzakta. Japonya'nın arazisi, ülkeyi saran sayısız aktif volkan nedeniyle, çoğunlukla sismik faaliyetlerin ortaya çıkmasıyla birlikte dağlıktır.