Japonya’nın ana yer şekilleri arasında dağlar, ovalar ve volkanlar vardır. Ana ada Honshu'dur ve 810 mil uzunluğundadır ve dağlar ve volkanlar hakimdir. Şikoku dört ana adadan biridir, ancak en az nüfusa sahiptir.
Dağlık yer şekilleri, Japonya'nın çoğunluğundan geçmektedir. Dağlar derin vadilere, ağaçlarla kaplı yamaçlara ve eteklere sahiptir. Derin vadiler ülkenin Pasifik Okyanusu tarafında, etekler ise Japonya Denizi'nin bulunduğu diğer tarafta. Dağlar, 9,800 metreye kadar ulaşan çeşitli rakımlara sahiptir.
Japonya'daki en yüksek kot, Japonya'nın en büyük uyuyan yanardağ olan Fuji Dağı'dır. Fuji Dağı'nın yüksekliği 12.388 fit ve Tokyo'nun güneybatısında yer alıyor.
Japonya'nın ovaları, hem Pasifik Okyanusu hem de dağların Japonya Denizi kıyısındaki kıyı bölgeleri boyunca yer almaktadır. Japonya'daki nüfusun çoğu bu kıyı topluluklarında yaşamaktadır. Ülkede çeşitli yerlerde nehirler de var, ancak en uzun olanı Shinano Nehri. Diğer nehirlerin çoğu çok kısadır ve dağlardan kıyı bölgelerine akmaktadır.
