İstemci-sunucu uygulamasının dezavantajları; güvenilirlik eksikliği, olgun araçlar ve ölçeklenebilirliktir. İstemci-sunucu uygulamaları veya bir istemci bilgisayarda çalışan yazılımlar, daha yüksek maliyet ve risk dezavantajlarına da sahiptir Ağ tıkanıklığı.
İstemci-sunucu uygulamaları, bir istemci bilgisayardan uzak bir sunucuya, sunucu kapandığında istekte bulunduğundan işlemler durur. Ayrıca, Windows NT Server gibi ağ işletim sistemleri ölçeklenebilirlikten yoksundur. İstemci-sunucu uygulamalarının bir başka dezavantajı, her kullanıcının bilgisayarına kurulmaları gerektiğidir. Bazı durumlarda, bu paylaşılan bir ağ sürücüsünü kullanmak kadar basit olabilir. Ancak, çalışma zamanı yazılımı ve bileşenlerini her kullanıcının bilgisayarına yükleyip yapılandırmak için saatler harcamak kadar zor olabilir.
Bir istemci-sunucu uygulamasıyla ilişkili maliyetler türüne bağlıdır. İki katmanlı istemci-sunucu uygulamaları sunum, işleme ve verileri iki birime ayırırken, üç katmanlı uygulamalar kullanıcı arabirimi, işlevsellik ve verileri üç birime böler. Üç aşamalı uygulamalar, bir iş kuralı değişikliği çağırma parametrelerinde değişiklik gerektirdiğinde daha yüksek test ve geçiş maliyetlerine sahiptir. Özel bir müşteri geliştirme aracından diğerine geçme maliyetini karşılaştırırken kodlama, test ve geçiş maliyetleri her iki kademeli sistemde her zaman daha yüksektir. Diğer maliyetler arasında ağ oluşturma, donanım ve yanıtlama süresi maliyetleri bulunur.
