Michigan Üniversitesi Zooloji Müzesi, imparator penguenlerin birincil düşmanlarının veya yırtıcılarının dev variller, Antarktika skuası, leopar foku ve katil balinalar olduğunu gösterir. penguen kolonileri içindeki piliçlerle beslenirler. Tahminler, civcivlerin yüzde 7 ila 34'ünün av olduğunu gösteriyor.
Leopard fokları denize girdiklerinde genç penguenleri avlarlar, ancak yetişkin imparatorlar da hedeflerdir. Katil balinalar tamamen büyümüş kuşların peşinden gitme eğilimindedir. İmparator penguenler, avcıları izlemeye devam eder ve tehlike yaklaştığında kolonilerini diğerlerini uyarırlar. Ek olarak, National Geographic, imparator penguenleri sudayken, mühürleri atlatmaya yardımcı olan ani, kısa hız patlamaları yeteneğine sahip olduklarını belirtir.
