Güneydoğu Asya’nın fiziksel özellikleri arasında dağ silsileleri, ovalar, yarımadalar, tepeler ve adalar bulunur. Güneydoğu Asya'nın en yüksek dağı Myanmar'da bulunan ve 19.000 fit yüksekliğindeki Hkakabo Razi'dir. Diğer önemli özellikler arasında Tonle Sap Havzası ve Kamboçya'daki Mekong Lowlands sayılabilir. Malezya takımadalarının adaları ve volkanları da Güneydoğu Asya'nın bir parçasıdır.
Malay Yarımadası, Güneydoğu Asya'nın bir parçasıdır ve Tayland, Singapur ve Malezya ile Myanmar bölgelerini içerir. Bu yarımadanın Tahan Dağı'nı içeren merkezi bir dağ silsilesi vardır. Nehirler Yarımadası'nın Doğu ve Batısına akar. Pahang nehri kayda değer, çünkü toplam 271 mil boyunca, Malay Yarımadası'ndaki en uzun nehir.
Güneydoğu Asya'daki birçok ülke okyanusu sınırlandırır, bu nedenle bölgede çok sayıda yükseklik, körfez ve delta vardır. Bunlar arasında Malacca Düzlüğü, Singapur Düzlüğü ve Tayland Körfezi sayılabilir. Güneydoğu Asya'da Malezya takımadalarında bulunan 25.000'den fazla ada bulunur. Takımadalar birkaç küçük ada zincirinden oluşur. Bu küçük takımadalar Endonezya, Filipin Adaları, Maluku Adaları ve Yeni Gine ve çevresindeki adaları içerir.
